Už v pradávných dobách bylo v místech nynějšího bechyňského hradu opevněné hradiště. Kolem něho vznikala potom osada. Kosma vypravuje, že byla důležitou stanicí na zemské stezce, která vedla do Rakous. J. K. Hraše tvrdí, že tato stezka vedla z Prahy na Orlík, Milevsko, Sepekov přes Srlín, Rataje, Lhotu Haškovcovu do Bechyně a Soběslavě, kde se připojovala na lundskou stezku. Arnošt Chleborád ve svém Popisu okresu bechyňského píše, že Bechyně byla po založení pražského biskupství sídlem bechyňského arcijáhenství, k němuž náleželo sedm děkanství: bechyňské, vltavské, chýnovské, doudlebské, volyňské, bozeňské a prácheňské.
Bechyně byla založena českým králem Janem Lucemburským roku 1323 a je do dávných časů počítána k nejzajímavějším osadám v Čechách. Ohražení nové osady provedl podkomoří českého království Oldřich Pluh z Rabštejna. K obnově opevnění došlo po husitských válkách na konci 15. století. Najdeme je na severní a západní straně. V serverní hradební zdi je dosud zachováno 12 pětibokých bašt, vzdálených od sebe 25 metrů. Velká brána stávala mezi obchodním domem Zuzana a vinárnou U Hradeb, zbořena byla před polovinou 19. století.
Nejstarší památkou v Bechyni je rozsáhlý hrad, postavený českým králem Přemyslem Otakarem II. po roce 1268 na místě bývalého župního hradu. Stavba Otakarova je tedy nejstarším a základním pilířem zámku. Více o hradu, později zámku. Bechyňský hrad byl později různými majiteli rozšiřován a přestavován. Poslední výraznou přestavbu provedl slavný jihočeský velmož Petr Vok z Rožmberka v letech 1561 až 1587.
V roce 1592 Petr Vok přesídlil do Krumlova a Bechyni poté získal rod Šternberků.
Šternberkové zde zůstali až do počátku 18. století, kdy jejich jihočeská větev vymřela po meči. Poslední z rodu, Marie Terezie ze Šternberka, se v roce 1715 provdala za říšského hraběte Jana Leopolda z Paaru.
Paarové zasáhli do dějin Bechyně na více jak dvě stě let. Rozšířili zámecký komplex a v jeho okolí vytvořili anglický park. Přinesli do města první průmysl. Věhlas si získala knížecí továrna na výrobu kamen a keramických předmětů, založená roku 1875.
Bechyně byla při svém zrodu z dvanácti českých měst nejjižnějším krajským městem. V celistvosti se udržel bechyňský kraj až do roku 1751. V tomto roce byl rozdělen na dva kraje: budějovický a táborský.
V okolí Bechyně najdou milovníci turistiky lokality s dobře značenými stezkami jak pro pěší, tak pro cykloturisty. Často navštěvovaným místem je údolí Lužnice pod Bechyní, kde skalní masiv obklopující řeku vytváří mimořádně romantická místa. Romantická příroda s malebnými zákoutími láká i k posezení. Řeka Lužnice je rájem rybářů a vodáků.